ปุ๋ยอินทรีย์ประกอบไปด้วยปุ๋ยหมักและปุ๋ยชีวภาพ ประโยชน์ที่ได้ก็เหมือนกัน แต่จะต่างกันเพียงกระบวนการการผลิต เพราะปุ๋ยหมักจะใช้เศษซากหรือวัสดุต่างๆ ที่ได้มาจากเศษหญ้า ใบไม้ ฟางข้าว ผักตบชวา หรือแม้แต่ขยะมูลฝอย การหมักสามารถกองไว้กับพื้นที่ว่างได้เลย โดยจะใช้พื้นที่ในการหมักมากกว่าปุ๋ยชีวภาพ ส่วนปุ๋ยชีวภาพนั้น จะทำมาจากซากพืช ซากสัตว์ ใช้อุปกรณ์ในการหมักเช่น ถัง ฯลฯ
ในด้านของการให้ประโยชน์นั้นจะแบ่งออกเป็น 4 ด้านด้วยกันนั่นก็คือ
ประโยชน์ด้านการเกษตร
- มีหน้าที่ช่วยปรับสภาพความเป็นกรด-ด่าง ในดินและน้ำ
- ช่วยปรับสภาพโครงสร้างของดินให้ร่วนซุย อุ้มน้ำและอากาศได้ดียิ่งขึ้น
- ช่วยย่อยสลายอินทรีย์วัตถุในดินให้เป็นธาตุอาหารแก่พืช พืชสามารถดูดซึมไปใช้ได้เลยโดยไม่ต้องใช้พลังงานมากเหมือนการใช้ปุ๋ยวิทยาศาสตร์
- ช่วยเร่งการเจริญเติบโตของพืชให้สมบูรณ์ แข็งแรงตามธรรมชาติ ต้านโรคและแมลง
- ช่วยสร้างฮอร์โมนพืช ทำให้ผลผลิตสูง และคุณภาพของผลผลิตดีขึ้น
- ช่วยให้ผลผลิตคงทน เก็บรักษาไว้ได้นาน
ประโยชน์ด้านปศุสัตว์
- ช่วยกำจัดกลิ่นเหม็นจากฟาร์มสัตว์ ไก่ สุกร ได้ภายใน 24 ชม.
- ช่วยกำจัดน้ำเสียจากฟาร์มได้ภายใน 1-2 สัปดาห์
- ช่วยป้องกันโรคอหิวาห์และโรคระบาดต่างๆ ในสัตว์แทนยาปฏิชีวนะ และอื่นๆได้
- ช่วยกำจัดแมลงวัน ด้วยการตัดวงจรชีวิตของหนอนแมลงวัน ไม่ให้เข้าดักแด้เกิดเป็นตัวแมลงวัน
- ช่วยส่งเสริมสุขภาพสัตว์เลี้ยง ทำให้สัตว์แข็งแรง มีความต้านทานโรค ให้ผลผลิตสูงและอัตราการรอดสูง
ประโยชน์ด้านการประมง
- ช่วยควบคุมคุณภาพน้ำในบ่อเลี้ยงสัตว์น้ำ
- ช่วยแก้ปัญหาโรคพายาธิในน้ำ ซึ่งอันตรายต่อสัตว์น้ำ
- ช่วยรักษาโรคแผลต่างๆในปลา กบ จระเข้ ฯลฯ ได้
- ช่วยลดปริมาณที่เลนในบ่อ ช่วยให้เลนไม่เน่าเหม็น สามารถนำไปผสมเป็นปุ๋ยหมักใช้กับพืชต่างๆได้ดี
ประโยชน์ด้านสิ่งแวดล้อม
- ช่วยบำบัดน้ำเสียจาการเกษตร ปศุสัตว์ การประมง โรงงานอุตสาหกรรม ชุมชนและสถานประกอบการทั่วไป
- ช่วยกำจัดกลิ่นเหม็นจากกองขยะ การเลี้ยงสัตว์ โรงงานอุตสาหกรรมและชุมชนต่างๆ
- ปรับสภาพของเสีย เช่น เศษอาหารจากครัวเรือนให้เป็นประโยชน์ต่อการเลี้ยงสัตว์และการเพาะปลูกพืช
- กำจัดขยะด้วยการย่อยสลายให้มีจำนวนลดน้อยลง สามารถนำไปใช้ประโยชน์ได้
- ช่วยปรับสภาพอากาศที่เสียให้สดชื่น และมีสภาพดีขึ้น

